人的胃肠道被复杂的微生物生态系统定殖。肠道细菌不仅是共生的，而且还会与宿主一起发生共生共进化。有益的肠道细菌具有许多重要功能，例如，它们为宿主产生各种营养，预防肠道病原体引起的感染，并调节正常的免疫反应。因此，为了获得，恢复和维持生态系统中良好的平衡而对肠道菌群进行修饰，并且胃肠道中存在的微生物的活性对于改善宿主的健康状况是必需的。在人类饮食中引入益生菌，益生元或合生元有利于肠道菌群。它们可能以未加工的蔬菜和水果，发酵的咸菜或乳制品的形式食用。另一个来源可能是药物配方和功能食品。
